Appellées Kobo en japonais.
Comme de nombreux éléments entrant dans la composition du saké, les levures sont primordiales pour donner au saké son caractère final. En digérant les molécules de sucre en alcool, elles vont libérer différents ester d'alcool dont le spectre va donner toutes les nuances de goût au saké.

La plupart des levures sont des levures commerciales, portant un numéro d'identification. Leurs propriétés sont connues et selon le profil souhaité, le Toji choisira l'une ou l'autre.
Dans certaines Kura, des levures indigènes sont développée à partir de levures commerciales. leur profil n'est connu qu'après une longue période et implique de multiples essais. L'utilisation de levures indigènes permet d'offrir plus d'originalité, mais la bonne utilisation des levures commerciale est souvent à l'origine de saké de très grande qualité.

Au cours de leur préparation, les levures sont mises à proliférer dans une cuve refrodie en permanence pour empêcher un emballement du système.